微生物菌種按照生成途徑，分飼料發酵菌種和生物肥發酵菌種。微生物菌種按照行業分為：普通微生物菌種-農業微生物菌種-林業微生物菌種-藥用微生物菌種-醫學用微生物菌種-獸醫微生物菌種-工業微生物菌種等 數量十分龐大。下面表格是分析試驗中常用的：
| 編號 | 名稱 | 用途 | 規格 | ||
| 4800001 | 福氏痢疾志賀氏菌(ATCC12022) | 培養基檢定 | 支 | ||
| 4800002 | 普通變形桿菌(ATTC13315) | 培養基檢定 | 支 | ||
| 4800003 | 鼠傷寒沙門氏菌(ATCC14028) | 培養基檢定 | 支 | ||
| 4800004 | 釀膿鏈球菌(ATCC19615) | 培養基檢定 | 支 | ||
| 4800005 | 白色念球菌(ATCC10231) | 培養基檢定 | 支 | ||
| 4800006 | 短芽胞桿菌(ATCC7316) | 培養基檢定 | 支 | ||
| 4800007 | 臘葉芽枝霉菌(ATCC7702) | 培養基檢定 | 支 |
更多菌種：
| 菌種目錄 | 名 稱 | 備 注 |
| CVCC1570 | 大腸桿菌 CMCC 44102 | 抗生素效價測定 |
| CVCC2081 | 大腸桿菌 CMCC 44103 | 抗生素效價測定 |
| CVCC709 | 短小芽孢桿菌 CMCC63202 | 抗生素效價測定 |
| CVCC717 | 枯草芽孢桿菌 CMCC63501 | 抗生素效價測定 |
| CVCC1882 | 金黃色葡萄球菌CMCC26003 | 抗生素效價測定 |
| CVCC1600 | 藤黃八疊球菌 CMCC28001 | 抗生素效價測定 |
